CUDA w akcji

CUDA + badania

Radykalne przyspieszenie symulacji wirusów

		Wirusy, przyczyna wielu chorób, są najmniejszymi znanymi organizmami naturalnymi. Z powodu prostoty ich budowy oraz niewielkiego rozmiaru, biolodzy wykorzystujący w badaniach metody obliczeniowe wybrali właśnie wirusy do pierwszej próby zasymulowania całej formy życia w komputerze. Wybrano jeden z najmniejszych wirusów, satelitarny wirus mozaiki tytoniu (STMV). Badacze symulowali wirus w kropli słonej wody, wykorzystując program o nazwie NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics), opracowany na Uniwersytecie Illinois w Urbana-Champaign.
Wygląd wirusa STMV, ujawniający ochronny kapsyd (białkową otoczkę), otaczającą genom.	Dwudziestościenna struktura kapsydu STMV.

Dzięki uruchomieniu NAMD na akcelerowanym przez GPU klastrze zainstalowanym w ośrodku National Center for Supercomputing Applications (NCSA), działanie NAMD zostało przyspieszone do 12 razy poprzez zastosowanie CUDA™, co pozwoliło uzyskać radykalny wzrost wydajności do 330 razy w stosunku do pojedynczego rdzenia CPU. Badacze są przekonani, że krok ten pomoże współczesnej medycynie lepiej zrozumieć i leczyć choroby wirusowe.

www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Jony (pomarańczowe), wiążące genom wirusa, umiejscowione za pomocą programu akcelerowanego przez CUDA.