Tesla Bio Workbench umożliwia osiągnięcie nowych, przełomowych odkryć w dziedzinie nauk przyrodniczych

 
 

Product PR

Jens Neuschaefer
Product PR Manager, Central/Eastern Europe
NVIDIA GmbH
jneuschaefer@nvidia.com
+49 89 628350015

Informacje prasowe publikuje:

Katarzyna Kapłon, Ewa Rudkowska
Tabasco s.c.
ul. Stolarska 8/2
53-205 Wrocław, POLAND
tabasco@tabasco.pl
tel.: +48 (71) 3632947, +48 (71) 3632223

Bio Workbench
Ross Walker
Klaus Schulten
Temple University
John Stone
Paul Crozier

Tesla Bio Workbench umożliwia osiągnięcie nowych, przełomowych odkryć w dziedzinie nauk przyrodniczych

Obliczeniowcy oraz biofizycy mogą od dziś korzystać z nowych aplikacji wykorzystujących procesor graficzny, witryny społecznościowej im poświęconej oraz pre-konfigurowanych systemów opartych na rozwiązaniach Tesla.

SANTA CLARA, Calif. — 14 stycznia, 2010 - Firma NVIDIA zaprezentowała dziś rozwiązania Tesla Bio Workbench, dzięki którym naukowcy będą mogli przekształcić standardowy komputer PC w „laboratorium obliczeniowe”, a tym samym rozszerzyć możliwości zaawansowanych badań biochemicznych. Zastosowanie procesorów graficznych NVIDIA® Tesla™ umożliwia osiągnięcie 10 do 20-krotnego wzrostu prędkości operacji przetwarzania złożonych kodów z dziedziny biochemii, takich jak badania nad tworzeniem nowych leków lub sekwencjonowanie kodu DNA.

Rozwiązanie Tesla Bio Workbench zawiera:
  • Zestaw aplikacji do badań w obrębie dziedzin dynamiki molekularnej i chemii kwantowej, zoptymalizowanych do pracy w oparciu o procesory graficzne, w tym: AMBER, GROMACS, LAMMPS, NAMD, TeraChem, VMD, oraz aplikacji bioinformatycznych, np.: CUDASW++ (Smith-Waterman), GPU-HMMER i MUMmerGPU.
  • Witrynę społecznościową, która umożliwia użytkownikom pobieranie aplikacji, sprawdzanie najnowszych wyników testów, czytanie prac i poradników akademickich, uczestniczenie w dyskusjach na forach odwiedzanych przez samych autorów aplikacji i nie tylko.
  • Szczegółowe informacje na temat stacji roboczych oraz klastrów opartych na procesorach graficznych Tesla zostały udostępnione dla odbiorców na całym świecie i umożliwiają łatwe wdrożenie tych aplikacji.

Naukowcy zwykle przeprowadzają eksperymenty w laboratoriach, w których łączą substancje chemiczne, badają interakcje między nimi oraz mierzą ich skuteczność. Rozwój w dziedzinie nauki obliczeniowej umożliwił przeprowadzanie tych samych eksperymentów za pomocą modeli symulacyjnych dynamiki molekularnej i chemii kwantowej, lecz do tej pory takie działania wymagały użycia potężnych superkomputerów wyposażonych w tysiące procesorów.

Dzięki architekturze masywnego przetwarzania równoległego CUDA™ obsługiwanej przez procesory graficzne firmy NVIDIA, wspomniane aplikacje mogą pracować od 10 do 20 razy szybciej. Oznacza to, że komputer klasy PC wyposażony w procesory graficzne TESLA może w pewnych przypadkach wykonywać obliczenia sprawniej niż superkomputer.

Cytaty:

„Prowadzimy prace nad wdrożeniem nowej techniki obliczeń wykorzystującej procesory graficznej w oprogramowaniu VMD do wizualizacji dynamiki molekularnej, które umożliwia badanie migracji małych molekuł (takich jak tlen lub dwutlenek węgla) wewnątrz protein. Rozwiązania tego typu są kluczowe w badaniach mechanizmów reakcji enzymatycznych,” powiedział Jonh Stone, starszy programista naukowy Uniwersytetu Illinois w Urbana-Champaign. „Symulacja trwająca jeden dzień na komputerze wykorzystującym procesory graficzne trwałaby 30 dni na maszynie wyposażonej wyłącznie w standardowe procesory typu CPU, a więc byłaby niepraktyczna w toku faktycznych badań.

“TeraChem to potężny pakiet do modelowania molekularnego. Obliczenia wykonywane przez to rozwiązanie wspomagają proces projektowania nowych leków i pozwalają uniknąć strat czasu poświęconego na syntezę mało obiecujących kandydatów," twierdzi Todd Marinez, profesor chemii fizycznej i teoretycznej na Uniwersytecie Stanford. „Przeprowadzane na klastrze komputerowym obliczenia , które zajmowały niegdyś dni lub nawet tygodnie, są teraz wykonywane codziennie na stacjach roboczych wyposażonych w procesory graficzne NVIDIA. Dzięki temu znacznie zwiększyliśmy wydajność analizy komputerowej i przyśpieszyliśmy proces projektowania leków.“

„Znajdujący się tu badacze posługują się opartym na procesorze graficznym oprogramowaniu dynamiki molekularnej NAMD, by badać jak komórki wirusa reagują na różne leki, oraz poznają skuteczność leków na wirusa H1N1”, powiedział Klaus Schulten, profesor fizyki, kierownik NIH Resorce dla modelowania makromolekularnego i bioinformatyki, oraz wicedyrektor NSF Center fizyki żywych komórek Uniwersytetu Illinois w Urbana-Champaing. „NAMD wyposażony w 4 procesory graficzne na jedną stację roboczą jest w stanie prześcignąć 16 procesorów centralnych w serwerowni.”

„Jednym z wyzwań przyszłości symulacji molekularnej jest umożliwienie zautomatyzowanej selekcji leków. Tradycyjnie posługiwaliśmy się GROMACS’em do kalkulacji łączenia leków z proteinami membranowymi używając dużych grup, jest to jednak kosztowny i skomplikowany proces”, powiedział Erik Lindahl, profesor nadzwyczajny Centrum Badań Biomembrany, Uniwersytetu Sztokholmskiego. „Obecnie implementujemy wsparcie dla procesorów graficznych, ponieważ pojedynczy procesor graficzny może być nawet 4-5 razy szybszy niż procesor centralny w przypadku większości standardowych symulacji. W ciągu kilku lat spodziewamy się, że stacje robocze wyposażone w kilka układów graficznych będą stanowiły olbrzymią część rynku i z tego powodu widzimy NVIDIĘ jako szczególnie ważnego partnera”.

Użyteczne linki i pliki video :

Weblinks to:

The Tesla Bio Workbench Website

Tesla GPU Computing Products

Video links for:

Ross Walker talks about AMBER on GPUs

Klaus Schulten talks H1N1 emergency computing using GPUs

Temple University talks about developing better shampoos using HOOMD

John Stone talks about VMD on GPUs

Paul Crozier talks about accelerating LAMMPS using GPUs

O firmie NVIDIA
Firma NVIDIA (Nasdaq: NVDA) pokazała światu moc grafiki komputerowej w momencie wynalezienia procesora graficznego (GPU) w 1999 roku. Od tego czasu, firma konsekwentnie ustanawia nowe standardy w obliczeniach wizualnych dzięki zapierającej dech w piersiach interaktywnej grafice dostępnej w szeregu nowoczesnych urządzeń takich jak smartfony, notebooki czy stacje robocze. Dzięki gruntownej znajomości programowalnych procesorów graficznych, NVIDIA doprowadziła do wielu przełomowych osiągnięć w dziedzinie obliczeń równoległych. Osiągnięcia te sprawiły, iż obliczenia superkomputerowe stały się ekonomicznym i szeroko dostępnym rozwiązaniem. W rankingu magazynu Fortune 2 lata z rzędu firma NVIDIA figuruje jako nr 1 wśród innowacyjnych firm branży półprzewodników. Więcej informacji znaleźć można pod adresem www.nvidia.pl.

Pewne oświadczenia przedstawione w tej informacji prasowej, w tym, ale nie ograniczając się do: korzyści, funkcji, wpływu, wydajności i możliwości technologii Tesla Bio Workbench , procesory NVIDIA Tesla i architektura CUDA są oświadczeniami wybiegającymi w przyszłość i jako takie są obciążone ryzykiem i niepewnością, przez co stan faktyczny może znacząco różnić się od oczekiwań. Ryzyko to i niepewność dotyczą, ale nie są do nich ograniczone: rozwoju bardziej wydajnych lub szybszych technologii; zastosowania GPU do obliczeń równoległych; problemów projektowych, produkcyjnych lub programowych; wpływu postępu technologicznego i konkurencji; zmian w preferencjach i wymaganiach klientów oraz innych czynników ryzyka wyszczególnianych w pewnych okresach czasu w raportach firmy NVIDIA przesyłanych do Securities and Exchange Commission (Komisja Papierów Wartościowych i Giełd), w tym w dokumencie Form 10-Q za okres finansowy zakończony 25 października 2009 roku. Kopie dokumentów dostarczonych Komisji są dostępne bezpłatnie na stronie internetowej firmy NVIDIA. Te wybiegające w przyszłość oświadczenia obowiązują tylko w chwili ich opublikowania i, z wyjątkiem przypadków przewidzianych przez prawo, firma NVIDIA nie podejmuje żadnych zobowiązań dotyczących aktualizacji tych wybiegających w przyszłość oświadczeń.

# # #

© 2009 NVIDIA Corporation. Wszelkie prawa zastrzeżone. NVIDIA, logotyp NVIDIA CUDA i Tesla są znakami towarowymi lub zarejestrowanymi znakami towarowymi NVIDIA Corporation w Stanach Zjednoczonych i pozostałych krajach. Inne nazwy firm i produktów mogą być znakami towarowymi ich prawnych właścicieli. Funkcjonalność, ceny, dostępność i specyfikacje mogą ulec zmianie bez powiadomienia.



 
 
 
 
FacebookTwitterGoogle+Nasza KlasaLinkedIn