Nowości

Akceleracja obliczeń w aplikacjach genomicznych przy wykorzystaniu OpenACC przyspieszy proces tworzenia leków ratujących życie.

Szesnastokrotne przyśpieszenie oprogramowania DNADist osiągnięte niskim nakładem pracy znacznie usprawni badania nad lekami w firmach farmaceutycznych, takich jak Roche.

Product PR
Igor Stanek
Product PR Manager Notebooks/ION
EMEAI
NVIDIA Ltd
istanek@nvidia.com
+44 7775 940868
+42 0602 135136

Ewa Rudkowska / Kasia Kaplon
Tabasco s.c. (NVIDIA PR)
tabasco@tabasco.pl
+48 (71) 3632947
+48 (71) 3632223

Szanghaj— 6 sierpnia, 2012 r. — Firma NVIDIA poinformowała dziś o osiągnięciach chińskich naukowców, którzy zastosowali standard programowania OpenACC do znaczącego przyśpieszenia aplikacji DNADist używanej do badań genomicznych. Oprogramowanie stosuje się głównie na wczesnych etapach rozwoju terapii chorób genetycznych, takich jak zespół Downa, białaczka, mukowiscydoza oraz anemia sierpowata.

Kompilator OpenACC firmy CAPS zastosowany przez naukowców z Uniwersytetu Shanghai Jia Tong umożliwił 16-krotne przyśpieszenie omawianej aplikacji za pomocą procesora graficznego NVIDIA® Tesla®. Wystarczyło uzupełnić kod oprogramowania czterema nieskomplikowanymi liniami kodu przekierowującymi obliczenia.

DNADist jest aplikacją wykorzystującą do obliczeń metodę stosowaną w filogenetyce o nazwie distance-matrix, która pozwala na prowadzenie badań nad genetycznymi zależnościami ewolucyjnych między poszczególnymi gatunkami oraz odczyt sekwencji nukleotydów z sekwencjonowanych danych DNA. Dzięki niej naukowcy będą mogli lepiej poznać przyczyny i stworzyć skuteczniejsze terapie chorób genetycznych. Przyśpieszona aplikacja DNADist umożliwi zbadanie znacznie szerszego zakresu wprowadzonych danych, a tym samym uzyskanie przydatnych wyników na wcześniejszym etapie procesu badania choroby.

Przyśpieszenie osiągnięto dzięki kompilatorowi opartemu na OpenACC, czyli standardzie programowania dla obliczeń równoległych, który do tej pory który pozwolił wykorzystać moc obliczeniową procesorów graficznych milionom naukowców z całego świata. Dzięki temu standardowi nawet ci użytkownicy, którzy nie mają dużej wiedzy w zakresie programowania równoległego, mogą przyśpieszyć aplikacje badawcze w kilka godzin, stosując znajome modele programowania.

Firma Roche docenia standard OpenACC i potęgę akceleracji na procesorach graficznych
Możliwość szybkiego i łatwego wdrożenia akceleracji sprzętowej w aplikacjach, jaką zapewnia standard OpenACC, pozwala firmom farmaceutycznym, w tym firmie Roche, zmniejszyć koszty, zwiększyć skuteczność i przyśpieszyć badania oraz rozwój nowych leków.

„Jestem zaskoczony szybkością i prostotą, z jaką OpenACC umożliwił nam wprowadzenie akceleracji na procesorach graficznych w oprogramowaniu DNADist, które jest jedną z naszych najważniejszych aplikacji roboczych”, twierdzi Steve Pan, dyrektor ds. projektów w firmie Roche Pharma Global Informatics. „Potencjalny wpływ procesorów graficznych jest tutaj nieoceniony, ponieważ nasze produkty szybciej trafią na rynek, a przez to mogą uratować więcej istnień.”

„Wyodrębnienie przydatnych danych z szerokiej kolekcji dostępnych danych DNA to zadanie, które wymaga coraz większej mocy obliczeniowej” twierdzi Sumit Gupta, starszy dyrektor ds. produktów Tesla w firmie NVIDIA. “Dzięki OpenACC naukowcy mogą szybko i łatwo wykorzystać ogromną wydajność drzemiącą w procesorach graficznych do analizy znaczących ilości danych genomicznych. Taka wydajność znacząco zmniejsza czas badania systemów biologicznych i umożliwia tworzenie skuteczniejszych leków nowej generacji”.

Coraz większa liczba inżynierów i naukowców sięga po kompilatory obsługujące OpenACC oraz hybrydowe systemy obliczeniowe składające się z procesorów graficznych i jednostek centralnych (CPU) używając ich do projektowania w systemach CAD/CAM przetwarzania obrazów, obliczeń inżynierii materiałowej, dynamiki molekularnej, chemii kwantowej oraz wielu innych zastosowań. W wielu przypadkach użytkownicy informują o osiągnięciu pięcio-, a nawet dziesięciokrotnego przyśpieszenia kosztem zaledwie kilku godzin pracy.

Seminarium internetowe — prezentacja OpenACC, DNADist – 6 września, 2012 r.
W dniu 6 września 2012 r. (czwartek) firma CAPS poprowadzi bezpłatne seminarium internetowe, na którym opisze najlepsze sposoby i praktyki korzystania ze standardu OpenACC, a także udostępni więcej informacji na temat przyśpieszenia oprogramowania za pomocą kompilatora OpenACC. Na stronie https://www2.gotomeeting.com/register/668751466 można uzyskać więcej informacji i zgłosić chęć uczestnictwa.

O firmie NVIDIA
NVIDIA (NASDAQ: NVDA) uświadomiła światu moc i znaczenie grafiki komputerowej, konstruując w 1999 roku układ GPU. Obecnie jej procesory stosowane są w szerokim zakresie urządzeń od smartfonów, aż po superkomputery. Procesory mobilne NVIDIA wykorzystywane są w telefonach komórkowych, tabletach i systemach informacyjno-rozrywkowych w motoryzacji. Gracze PC polegają na układach GPU, ciesząc się możliwością obcowania ze światami oferującymi spektakularne i porywające wrażenia. Profesjonaliści wykorzystują je do tworzenia grafiki 3D i efektów wizualnych w filmach oraz projektowania wszystkiego od kijów golfowych, aż po samoloty odrzutowe Jumbo Jet. Natomiast badacze stosują układy GPU, aby przesuwać granice nauki dzięki obliczeniom o wysokiej wydajności. Firma posiada ponad 5000 ogólnoświatowych patentów, włączając te dotyczące fundamentalnych kwestii nowoczesnych technologii obliczeniowych. W celu uzyskania dodatkowych informacji, odwiedź stronę www.nvidia.pl.

Pewne oświadczenia przedstawione w tej informacji prasowej, w tym w tym wpływ i korzyści wynikające z zastosowania procesorów graficznych NVIDIA Tesla oraz wpływy patentów firmy na nowoczesne obliczenia komputerowe są oświadczeniami wybiegającymi w przyszłość i jako takie są obciążone ryzykiem i niepewnością, przez co stan faktyczny może znacząco różnić się od oczekiwań. Czynnikami mogącymi spowodować istotne zmiany przedstawionych wyników są m.in. globalna sytuacja ekonomiczna; wpływ zewnętrznych dostawców produkujących, montujących, pakujących i testujących produkty firmy NVIDIA; wpływ postępu technologicznego i konkurencji; odbiór produktów firmy NVIDIA i produktów jej partnerów przez rynek; wady konstrukcyjne, produkcyjne lub programowe; zmiany w zainteresowaniach i potrzebach klientów; zmiany standardów i interfejsów branżowych; nieoczekiwana utrata wydajności produktów lub technologii po zintegrowaniu ich w systemach; oraz inne czynniki ryzyka wyszczególniane w pewnych okresach czasu w raportach firmy NVIDIA przesyłanych do Securities and Exchange Commission (Komisja Papierów Wartościowych i Giełd), w tym w dokumencie Form 10-Q za okres finansowy zakończony 29 kwietnia 2012 r. Kopie dokumentów dostarczonych Komisji są dostępne bezpłatnie, w niezmienionej formie, na stronie internetowej firmy NVIDIA. Te wybiegające w przyszłość oświadczenia obowiązują tylko w chwili ich opublikowania, a z wyjątkiem przypadków przewidzianych przez prawo, firma NVIDIA nie podejmuje żadnych zobowiązań dotyczących aktualizacji tych wybiegających w przyszłość oświadczeń.

###

© 2012 NVIDIA Corporation. Wszelkie prawa zastrzeżone. NVIDIA, logotyp NVIDIA, CUDA i Tesla są znakami towarowymi lub zarejestrowanymi znakami towarowymi NVIDIA Corporation w Stanach Zjednoczonych i pozostałych krajach. Inne nazwy firm i produktów mogą być znakami towarowymi ich prawnych właścicieli. Funkcjonalność, ceny, dostępność i specyfikacje mogą ulec zmianie bez powiadomienia.