Nowości

BGI przetwarza ogromne ilości danych z łańcuchów DNA za pomocą procesorów graficznych NVIDIA Tesla

 
 

Największy Instytut Genomiki na świecie wykorzystuje procesory graficzne w pracach mogących zaowocować stworzeniem niedrogich, spersonalizowanych leków

Product PR
Igor Stanek
Product PR Manager Notebooks/ION
EMEAI
NVIDIA Ltd
istanek@nvidia.com
+44 7775 940868
+42 0602 135136

Ewa Rudkowska / Kasia Kaplon
Tabasco s.c. (NVIDIA PR)
tabasco@tabasco.pl
+48 (71) 3632947
+48 (71) 3632223

Farma serwerów w BGI z procesorami graficznymi NVIDIA Tesla
Farma serwerów w BGI z procesorami graficznymi NVIDIA Tesla

PEKIN — GTC Asia — 14 grudnia 2011 r. — Firma NVIDIA poinformowała dziś, iż BGI, największy instytut genomiki na świecie, znacznie skrócił czas niezbędny do analizowania szeregów informacji sekwencjonowania łańcuchów DNA – z czterech dni do sześciu godzin – stosując farmę serwerów wyposażonych w procesory graficzne Tesla™ firmy NVIDIA®.

Osiągnięte przyśpieszenie zostało uznane za niezbędny krok w działaniach zmierzających do wypracowania ekonomicznych metod określania chemicznych komponentów molekuł DNA. Jest to bardzo ważne dla branży genomiki, która założyła próg docelowy wynoszący 1000 USD za genom – kiedy uda się obniżyć koszty do tego poziomu, genomika będzie nadawać się do stosowania w diagnostyce klinicznej, jako praktyczny element opieki medycznej pacjentów.

„Toniemy w informacjach o genomach, które są tworzone każdego dnia przez nasze wysokowydajne maszyny sekwencjonujące,” twierdzi Dr Bingqiang Wang, dyrektor ds. obliczeń wielkoskalowych w BGI. „Akceleracja naszych aplikacji do analizy genomów za pomocą procesorów graficznych skutkuje przyśpieszeniem działań przetwarzania danych i zwiększeniem prędkości, z jaką poznajemy tajniki bakterii, roślin i samych ludzi. Dzięki tym badaniom, badacze i profesjonaliści z branży opieki zdrowotnej będą w stanie stworzyć skuteczne i niedrogie leki oraz terapie dostosowane do konkretnego pacjenta”.

Badacze oraz naukowcy współpracujący z BGI stworzyli trzy aplikacje do analizy danych genomów, które wykorzystują akcelerację zapewnioną przez procesory graficzne Tesla firmy NVIDIA:

  • SOAP3 aligner – Dopasowuje krótkie odczyty z maszyny sekwencyjnej do istniejących, referencyjnych sekwencji genomów. Dzięki akceleracji na procesorach graficznych, program SOAP3 może odnaleźć wszystkie trzy nieprawidłowe sparowania dopasowań w ciągu kilkudziesięciu sekund dla każdego miliona odczytów. To samo zadanie wykonywane bez akceleracji trwało do kilkudziesięciu minut. Dzięki temu przyśpieszono zadania sekwencjonowania i składania poszczególnych genomów w celu porównania ich z poprzednio utworzonymi sekwencjami, co pozwala uzyskać wzgląd w przyszłe potencjalne stadia rozwoju chorób i ułatwia tworzenie terapii.
  • GSNP (wykrywanie SNP) – Akcelerowana przez procesory graficzne wersja popularnego oprogramowania SOAPsnp, które służy do wykrywania odmian polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP) w ciągu DNA danego genomu. Stosowanie odmian SNP w ciągach DNA umożliwia badanie różnorodności rozwoju chorób u poszczególnych osób, oraz ich reakcji na bakterie, wirusy i leki.
  • GAMA (narzędzie genotypowania w wysokiej rozdzielczości) – Służy do wyszukiwania rozkładu występowania lub częstotliwości konkretnych odmian genów w danym zestawie, takich jak kolor oczu lub podatność na raka prostaty.

„Jedynym sposobem, w jaki nauka może osiągnąć próg cenowy 1000 USD za przetworzenie jednego genomu, jest zastosowanie technologii przyśpieszających i ułatwiających analizy łańcuchów DNA, które uczynią je bardziej opłacalnymi”, twierdzi Sumit Gupta, dyrektor produktów Tesla w firmie NVIDIA. „Obliczenia na procesorach graficznych zapewniają naukowcom rewolucyjny wzrost wydajności aplikacji badawczych, który może pomóc w zmniejszeniu kosztów i złożoności wszystkich rodzajów kluczowych badań.”

BGI prowadzi przełomowe prace nad sekwencjonowaniem genomów wielu form życia, od roślin, przez bakterie E.coli, po pandy królewskie, tworząc lepsze leki, usprawniając skuteczność opieki medycznej i rozwijając genetycznie zmodyfikowaną żywność. Wydajność sekwencjonowania BGI niedługo przekroczy 700 000 genomów ludzkich rocznie, co stanowi ogromny wzrost wydajności względem pierwszych prac na tym polu – sekwencjonowanie pierwszego genomu zajęło bowiem 13 lat.

Procesory graficzne Tesla to masowo równoległe akceleratory oparte na architekturze CUDA® firmy NVIDIA przeznaczonej do obliczeń równoległych. Programiści aplikacji mogą przyśpieszyć swoje programy, stosując języki CUDA C, CUDA C++, CUDA Fortran lub proste, łatwe w użytku kompilatory wykorzystujące dyrektywy.

Więcej informacji na temat BGI można znaleźć na stronie internetowej BGI. Więcej informacji na temat procesorów graficznych Tesla można znaleźć na stronie internetowej Tesla. Więcej informacji na temat architektury CUDA można znaleźć na stronie internetowej CUDA.

Więcej wiadomości na temat firmy NVIDIA, informacji o samej firmie i jej produktach, obrazy i pliki wideo oraz inne informacje można znaleźć w dziale prasowym NVIDIA.

O firmie NVIDIA
NVIDIA (NASDAQ: NVDA) uświadomiła światu moc i znaczenie grafiki komputerowej, konstruując w 1999 roku układ GPU. Obecnie jej procesory stosowane są w szerokim zakresie urządzeń od smartfonów, aż po superkomputery. Procesory mobilne NVIDIA wykorzystywane są w telefonach komórkowych, tabletach i systemach informacyjno-rozrywkowych w motoryzacji. Gracze PC polegają na układach GPU, ciesząc się możliwością obcowania ze światami oferującymi spektakularne i porywające wrażenia. Profesjonaliści wykorzystują je do tworzenia efektów wizualnych w filmach oraz projektowania wszystkiego od kijów golfowych, aż po samoloty odrzutowe Jumbo Jet. Natomiast badacze stosują układy GPU, aby przesuwać granice nauki dzięki obliczeniom o wysokiej wydajności. Firma posiada ponad 2100 ogólnoświatowych patentów, włączając te dotyczące fundamentalnych kwestii nowoczesnych technologii obliczeniowych. W celu uzyskania dodatkowych informacji, odwiedź stronę www.nvidia.pl.

Pewne oświadczenia przedstawione w tej informacji prasowej, w tym wpływ i korzyści wynikające z zastosowania procesorów graficznych Tesla, architektury przetwarzania równoległego NVIDIA CUDA i kompilatorów opartych na dyrektywach oraz wpływy patentów firmy na nowoczesne komputery są oświadczeniami wybiegającymi w przyszłość i jako takie są obciążone ryzykiem i niepewnością, przez co stan faktyczny może znacząco różnić się od oczekiwań. Czynnikami mogącymi spowodować istotne zmiany przedstawionych wyników są m.in. globalna sytuacja ekonomiczna; wpływ zewnętrznych dostawców produkujących, montujących, pakujących i testujących produkty firmy NVIDIA; wpływ postępu technologicznego i konkurencji; odbiór produktów firmy NVIDIA i produktów jej partnerów przez rynek; wady konstrukcyjne, produkcyjne lub programowe; zmiany w zainteresowaniach i potrzebach klientów; zmiany standardów i interfejsów branżowych; nieoczekiwana utrata wydajności produktów lub technologii po zintegrowaniu ich w systemach; oraz inne czynniki ryzyka wyszczególniane w pewnych okresach czasu w raportach firmy NVIDIA przesyłanych do Securities and Exchange Commission (Komisja Papierów Wartościowych i Giełd), w tym w dokumencie Form 10-Q za okres finansowy zakończony 30 października 2011 r. Kopie dokumentów dostarczonych Komisji są dostępne bezpłatnie, w niezmienionej formie, na stronie internetowej firmy NVIDIA. Te wybiegające w przyszłość oświadczenia obowiązują tylko w chwili ich opublikowania, a z wyjątkiem przypadków przewidzianych przez prawo, firma NVIDIA nie podejmuje żadnych zobowiązań dotyczących aktualizacji tych wybiegających w przyszłość oświadczeń.

###

© 2011 NVIDIA Corporation. Wszelkie prawa zastrzeżone. NVIDIA, logotyp NVIDIA, CUDA i Tesla są znakami towarowymi lub zarejestrowanymi znakami towarowymi NVIDIA Corporation w Stanach Zjednoczonych i pozostałych krajach. Inne nazwy firm i produktów mogą być znakami towarowymi ich prawnych właścicieli. Funkcjonalność, ceny, dostępność i specyfikacje mogą ulec zmianie bez powiadomienia.



 
 
 
 
FacebookTwitterGoogle+Nasza KlasaLinkedIn