CUDA-BLASTP na układach GPU Tesla

Oprogramowanie CUDA-BLASTP zaprojektowano w celu akceleracji NCBI BLAST w zadaniu przeglądania baz danych z sekwencjami białek, poprzez wykorzystanie masowo równoległej architektury CUDA układów GPU NVIDIA Tesla. CUDA-BLASTP zawiera także program narzędziowy umożliwiający konwersję bazy danych w formacie FAST do postaci plików odczytywanych przez CUDA-BLASTP.

Pobieranie plików i instalacja

Pobierz CUDA-BLASTP
Informacje o CUDA-BLASTP (instalacja, podręcznik użytkownika)

Wyniki testów

Program CUDA-BLASTP uruchomiony na stacji roboczej z dwoma układami GPU Tesla C1060 jest 10 razy szybszy od oprogramowania NCBI BLAST (2.2.22) działającego na układzie CPU Intel i7-920. Skraca to czas wykonywania obliczeń z minut dla CPU do sekund na GPU.

Publikacje techniczne

Raport techniczny na temat CUDA-BLASTP zostanie wkrótce opublikowany przez Uniwersytet Technologiczny Nanyang w Singapurze.
Więcej publikacji na temat akceleracji aplikacji z dziedziny bioinformatyki przy użyciu układów GPU

Fora dyskusyjne

Społeczności zajmujące się tematyką obliczeń na GPU przy GPUcomputing.net

Rozwiązania na bazie GPU

Dostępne w postaci rozwiązania typu superkomputer osobisty klasy desktop, który może zapewnić wyższą wydajność niż 32-węzłowy klaster na bazie CPU, albo w postaci rozwiązania typu klaster o wydajności konwencjonalnego superkomputera wielkoskalowego przy 1/10 jego ceny i 1/20 poboru mocy. Rozwiązania te, zbudowane w oparciu o rewolucyjną architekturę CUDA, zaprojektowano w celu zwiększenia wydajności w dziedzinie nauk obliczeniowych.

REKOMENDOWANA KONFIGURACJA SPRZĘTOWA

Konfiguracja stacji roboczej typu desktop	Konfiguracja dla potrzeb centrów przetwarzania danych
GPUs 4 procesor obliczeń GPU Tesla C1060 CPU i pamięć systemowa CPU typu x86 taktowany 2,33 GHz >8 GB (po 4 GB pamięci systemowej na GPU Tesla C1060)	Nie dotyczy (CUDA-BLASTP nie obsługuje jeszcze MPI)

ROZWIĄZANIA DLA STACJI ROBOCZYCH SUPERKOMPUTER OSOBISTY TESLA
Superkomputer osobisty przy Twoim biurku

Dowiedz się więcej >

ROZWIĄZANIA DLA CENTRÓW PRZETWARZANIA DANYCH KLASTRY OBLICZEŃ GPU TESLA
Do zadań obliczeniowych wykorzystujących instalacje wielkoskalowe

Dowiedz się więcej >