NVIDIA Home > Katalog produktów > Rozwiązania dla obliczeń o wysokiej wydajności > GROMACS na układach GPU Tesla

GROMACS na układach GPU Tesla

GROMACS jest pakietem oprogramowania dedykowanym dynamice molekularnej, który zaprojektowano przede wszystkim z myślą o symulacji molekuł biochemicznych typu białka, lipidy i kwasy nukleinowe o dużej liczbie skomplikowanych wiązań kowalencyjnych. Wersja oprogramowania GROMACS wykorzystująca CUDA i akcelerację GPU jest obecnie dostępna w postaci beta, obsługującej metodę wykorzystującą sieciowe cząsteczki Ewalda (PME - Particle-Mesh Ewald), metodę z arbitralnymi formami oddziaływań bez wiązań a także model solwatacyjny Generalized Born.

Pobieranie plików i instalacja

• Wersja Beta oprogramowania GROMACS z obsługą CUDA
• GROMACS OpenMM – dokumentacja wersji i instrukcje instalacyjne

Wyniki testów

Wersja oprogramowania GROMACS wykorzystująca CUDA obsługuje obecnie pojedynczy układ GPU i zapewnia następujące wyniki:

	Wyniki zamieszczono dzięki uprzejmości Sztokholmskiego Centrum Badań nad Biomembranami

Publikacje techniczne

• M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, V. S. Pande. “Accelerating Molecular Dynamic Simulation on Graphics Processing Units.” J. Comp. Chem., 30(6):864-872. (2009)
• Aby dowiedzieć się więcej na temat akceleracji aplikacji z dziedziny dynamiki molekularnej za pomocą CUDA, odwiedź stronę poświęconą dynamice molekularnej.

Fora dyskusyjne

• Społeczności zajmujące się tematyką obliczeń na GPU przy GPUcomputing.net

Dostępne w postaci rozwiązania typu superkomputer osobisty klasy desktop, który może zapewnić wyższą wydajność niż 32-węzłowy klaster na bazie CPU, albo w postaci rozwiązania typu klaster o wydajności konwencjonalnego superkomputera wielkoskalowego przy 1/10 jego ceny i 1/20 poboru mocy. Rozwiązania te, zbudowane w oparciu o rewolucyjną architekturę CUDA, zaprojektowano w celu zwiększenia wydajności w dziedzinie nauk obliczeniowych.

REKOMENDOWANA KONFIGURACJA SPRZĘTOWA

Konfiguracja stacji roboczej typu desktop	Konfiguracja dla potrzeb centrów przetwarzania danych
GPUs 1 procesor obliczeń GPU Tesla C1060 (GROMACS w wersji CUDA obsługuje na razie tylko pojedynczy układ GPU) CPU i pamięć systemowa CPU typu x86 taktowany 2,33 GHz >4 GB (4 GB pamięci systemowej dla potrzeb układu GPU Tesla C1060)	Nie dotyczy (GROMACS w wersji CUDA nie obsługuje jeszcze MPI)

ROZWIĄZANIA DLA STACJI ROBOCZYCH SUPERKOMPUTER OSOBISTY TESLA Superkomputer osobisty przy Twoim biurku Dowiedz się więcej >		ROZWIĄZANIA DLA CENTRÓW PRZETWARZANIA DANYCH KLASTRY OBLICZEŃ GPU TESLA Do zadań obliczeniowych wykorzystujących instalacje wielkoskalowe Dowiedz się więcej >