NVIDIA Home > Katalog produktów > Rozwiązania dla obliczeń o wysokiej wydajności > GPU-HMMER na układach GPU Tesla

GPU-HMMER na układach GPU Tesla

GPU-HMMER jest oprogramowaniem z dziedziny bioinformatyki realizującym zadanie dopasowywania sekwencji białek przy użyciu profili ukrytych modeli Markowa (HMMs) i wykorzystującym do tego zadania masowo równoległą architekturę CUDA układów GPU NVIDIA Tesla. GPU-HMMER jest 60-100 razy szybszy od oprogramowania HMMER (2.0).

Pobieranie plików i instalacja

• Pobierz GPU-HMMER
• GPU-HMMER: Przewodnik po instalacji
• GPU-HMMER: Podręcznik użytkownika

Wyniki testów

GPU-HMMER akceleruje działanie narzędzia hmmsearch za pomocą układów GPU, zapewniając w efekcie wzrost wydajności na poziomie od 60 do 100 razy. GPU-HMMER jest w stanie obsłużyć w pojedynczej stacji roboczej kilka układów GPU Tesla, co umożliwia redukcję czasu przeszukiwania z godzin dla CPU do minut na GPU.

Publikacje techniczne

• „Ocena wykorzystania układów GPU do segmentacji obrazów wątroby i przeszukiwania bazy danych za pomocą metody HMMER”, J. P. Walters, V. Balu, S. Kompalli i V. Chaudhary: Międzynarodowe sympozjum nt. przetwarzania równoległego i rozproszonego (IPDPS), 2009
• Więcej publikacji na temat akceleracji aplikacji z dziedziny bioinformatyki przy użyciu układów GPU

Fora dyskusyjne

• Społeczności zajmujące się tematyką obliczeń na GPU przy GPUcomputing.net

Dostępne w postaci rozwiązania typu superkomputer osobisty klasy desktop, który może zapewnić wyższą wydajność niż 32-węzłowy klaster na bazie CPU, albo w postaci rozwiązania typu klaster o wydajności konwencjonalnego superkomputera wielkoskalowego przy 1/10 jego ceny i 1/20 poboru mocy. Rozwiązania te, zbudowane w oparciu o rewolucyjną architekturę CUDA, zaprojektowano w celu zwiększenia wydajności w dziedzinie nauk obliczeniowych.

REKOMENDOWANA KONFIGURACJA SPRZĘTOWA

Konfiguracja stacji roboczej typu desktop	Konfiguracja dla potrzeb centrów przetwarzania danych
GPUs 1 procesor obliczeń GPU Tesla C1060 (HMMER w wersji CUDA obsługuje na razie tylko pojedynczy układ GPU) CPU i pamięć systemowa CPU typu x86 taktowany 2,33 GHz >4 GB (4 GB pamięci systemowej dla potrzeb układu GPU Tesla C1060)	Nie dotyczy (HMMER w wersji CUDA nie obsługuje jeszcze MPI)

ROZWIĄZANIA DLA STACJI ROBOCZYCH SUPERKOMPUTER OSOBISTY TESLA Superkomputer osobisty przy Twoim biurku Dowiedz się więcej >		ROZWIĄZANIA DLA CENTRÓW PRZETWARZANIA DANYCH KLASTRY OBLICZEŃ GPU TESLA Do zadań obliczeniowych wykorzystujących instalacje wielkoskalowe Dowiedz się więcej >