BIO-WARSZTAT Tesla

HOOMD na układach GPU Tesla

 

HOOMD-blue jest pakietem oprogramowania ogólnego przeznaczenia do symulacji dynamiki molekularnej, który został stworzony od podstaw z myślą o wykorzystaniu możliwości rewolucyjnej architektury CUDA w układach GPU NVIDIA. Obsługuje szereg różnych pól siłowych i integratorów, a jego obiektowo zorientowana architektura umożliwia łatwe dodawanie kolejnych.

Pobieranie plików i instalacja

Wyniki testów

Szczegółowe wyniki testów są dostępne na stronie HOOMD-blue. Jeden układ GPU Tesla z działającym na nim oprogramowaniem HOOMD-blue może zapewnić wyższą wydajność niż 32 rdzenie CPU.

HOOMD on GPUs vs LAMMPS on 32 CPU cores
Wyniki zamieszczono dzięki uprzejmości Uniwersytetu Michigan

Prezentacje

Wywiady / materiały wideo

Analizy przypadku

  • NCSA, listopad 2009: układy GPU w klastrze Lincoln w NCSA przyspieszają symulacje dynamiki molekularnej wykorzystywane w pracach nad detergentami i systemami uwalniania leków

Fora dyskusyjne

Rozwiązania na bazie GPU

Dostępne w postaci rozwiązania typu superkomputer osobisty klasy desktop, który może zapewnić wyższą wydajność niż 32-węzłowy klaster na bazie CPU, albo w postaci rozwiązania typu klaster o wydajności konwencjonalnego superkomputera wielkoskalowego przy 1/10 jego ceny i 1/20 poboru mocy. Rozwiązania te, zbudowane w oparciu o rewolucyjną architekturę CUDA, zaprojektowano w celu zwiększenia wydajności w dziedzinie nauk obliczeniowych.

REKOMENDOWANA KONFIGURACJA SPRZĘTOWA

Konfiguracja stacji roboczej typu desktop Konfiguracja dla potrzeb centrów przetwarzania danych
  • GPUs
    • 1 procesor obliczeń GPU Tesla C1060 (HOOMD w wersji CUDA obsługuje na razie tylko pojedynczy układ GPU)
  • CPU i pamięć systemowa
    • CPU typu x86 taktowany 2,33 GHz
    • >4 GB (4 GB pamięci systemowej dla potrzeb układu GPU Tesla C1060)
  • Nie dotyczy (HOOMD w wersji CUDA nie obsługuje jeszcze MPI)

Tesla Personal Supercomputer   Tesla GPU Computing Clusters
ROZWIĄZANIA DLA STACJI ROBOCZYCH
SUPERKOMPUTER OSOBISTY TESLA

Superkomputer osobisty przy Twoim biurku
Dowiedz się więcej >
 
ROZWIĄZANIA DLA CENTRÓW PRZETWARZANIA DANYCH KLASTRY OBLICZEŃ GPU TESLA
Do zadań obliczeniowych wykorzystujących instalacje wielkoskalowe
Dowiedz się więcej >