LAMMPS na układach GPU Tesla

LAMMPS jest pakietem oprogramowania z dziedziny klasycznej dynamiki molekularnej, stworzonym z myślą o efektywnej pracy w systemach równoległych. Wersja CUDA pakietu LAMMPS została akcelerowana poprzez przeniesienie ciężaru obliczeń związanych z oddziaływującymi siłami na układ GPU.

Pobieranie plików i instalacja

GPU LAMMPS

Kod GPU LAMMPS obsługuje protokół MPI i jest skalowalny, umożliwiając pełne wykorzystanie zasobów sprzętowych środowiska obliczeniowego z dużym klastrem na bazie GPU włącznie

Wyniki testów

LAMMPS wykazuje w wersji wykorzystującej GPU bardzo dużą skalowalność, co potwierdzają poniższe rezultaty. Wydajność oprogramowania GPU-LAMMPS działającego na dwóch układach GPU Tesla jest wyższa niż w przypadku konfiguracji złożonej z 24 układów CPU.

Wyniki zamieszczono dzięki uprzejmości Scotta Hamptona i Pratula K. Agarwala, Państwowe Laboratorium Oak Ridge

Publikacje techniczne i prezentacje

From SC09: Harnessing GPU Speed to Accelerate LAMMPS Particle Simulation - Paul Crozier, Sandia National Laboratory
Akceleracja aplikacji z dziedziny dynamiki molekularnej przy użyciu układów GPU
Akceleracja aplikacji z dziedziny chemii kwantowej przy użyciu układów GPU

Fora dyskusyjne

Społeczności zajmujące się tematyką obliczeń na GPU przy GPUcomputing.net

Rozwiązania na bazie GPU

Aplikacje prezentowane w serwisie Bio-Warsztat Tesla mogą być stosowane zarówno w systemach opartych o wykorzystujące GPU superkomputery osobiste klasy desktop, jak i w centrach przetwarzania danych. Rozwiązania te, zbudowane w oparciu o rewolucyjną, masowo równoległą architekturę CUDA, zaprojektowano w celu zwiększenia wydajności w dziedzinie nauk obliczeniowych.

REKOMENDOWANA KONFIGURACJA SPRZĘTOWA

Konfiguracja stacji roboczej typu desktop	Конфигурация центра обработки данных
GPU 4 procesory obliczeń GPU Tesla C1060 CPU i pamięć systemowa 2.33+ GHz x86 CPU >16 GB (po 4 GB pamięci systemowej na GPU Tesla C1060)	GPU w węzłach klastra Tesla S1070 (z 4 układami GPU w obudowie 1U) lub serwery hybrydowe z układami GPU M1060 CPU i pamięć systemowa CPU typu x86 min. 2,33 GHz w każdym z serwerów 16 GB na serwer

ROZWIĄZANIA DLA STACJI ROBOCZYCH
SUPERKOMPUTER OSOBISTY TESLA
Superkomputer osobisty przy Twoim biurku

Dowiedz się więcej >

ROZWIĄZANIA DLA CENTRÓW PRZETWARZANIA DANYCH KLASTRY OBLICZEŃ GPU TESLA
Do zadań obliczeniowych wykorzystujących instalacje wielkoskalowe

Dowiedz się więcej >