NVIDIA Home > Katalog produktów > Rozwiązania dla obliczeń o wysokiej wydajności > CUDA-MEME na układach GPU Tesla

CUDA-MEME na układach GPU Tesla

CUDA-MEME jest opartym na MEME (wersja 3.5.4) oprogramowaniem umożliwiającym odkrywanie motywów. Przyspiesza działanie MEME poprzez wykorzystanie masowo równoległej architektury CUDA układów GPU NVIDIA Tesla.

Pobieranie plików i instalacja

• Pobierz CUDA-MEME
• W skład pobieranego pakietu z oprogramowaniem wchodzą też instrukcje instalacyjne i podręcznik użytkownika

Wyniki testów

Program CUDA-MEME uruchomiony na układzie GPU Tesla C1060 jest do 23 razy szybszy od programu MEME działającego na CPU x86. Skraca to czas wykonywania obliczeń z godzin dla CPU do minut na GPU. Dane na poniższym wykresie dotyczą modelu OOPS (one occurrence per sequence – jedno wystąpienie na sekwencje) dla 4 zbiorów danych.

Publikacje techniczne

• „CUDA-MEME: akceleracja odkrywania motywów w sekwencjach biologicznych przy użyciu procesorów graficznych z obsługą CUDA, Y. Liu, B. Schmidt, W. Liu, D. Maskell: Pattern Recognition Letters, październik 2009
• „GPU-MEME: Wykorzystanie sprzętu graficznego do akceleracji procesu odnajdowania motywów w sekwencjach DNA, C. Chen i inni, konspekt wykładu w Computer Science, wydanie 5265, 2008
• Więcej publikacji na temat akceleracji aplikacji z dziedziny bioinformatyki przy użyciu układów GPU

Discussion Forums

• Społeczności zajmujące się tematyką obliczeń na GPU przy GPUcomputing.net

Dostępne w postaci rozwiązania typu superkomputer osobisty klasy desktop, który może zapewnić wyższą wydajność niż 32-węzłowy klaster na bazie CPU, albo w postaci rozwiązania typu klaster o wydajności konwencjonalnego superkomputera wielkoskalowego przy 1/10 jego ceny i 1/20 poboru mocy. Rozwiązania te, zbudowane w oparciu o rewolucyjną architekturę CUDA, zaprojektowano w celu zwiększenia wydajności w dziedzinie nauk obliczeniowych.

REKOMENDOWANA KONFIGURACJA SPRZĘTOWA

Konfiguracja stacji roboczej typu desktop	Konfiguracja dla potrzeb centrów przetwarzania danych
GPUs 1 procesor obliczeń GPU Tesla C1060 (MEME w wersji CUDA obsługuje na razie tylko pojedynczy układ GPU) CPU i pamięć systemowa CPU typu x86 taktowany 2,33 GHz >8 GB (4 GB pamięci systemowej dla potrzeb układu GPU Tesla C1060)	Nie dotyczy (MEME w wersji CUDA nie obsługuje jeszcze MPI)

ROZWIĄZANIA DLA STACJI ROBOCZYCH SUPERKOMPUTER OSOBISTY TESLA Superkomputer osobisty przy Twoim biurku Dowiedz się więcej >		ROZWIĄZANIA DLA CENTRÓW PRZETWARZANIA DANYCH KLASTRY OBLICZEŃ GPU TESLA Do zadań obliczeniowych wykorzystujących instalacje wielkoskalowe Dowiedz się więcej >