NVIDIA Home > Katalog produktów > Rozwiązania dla obliczeń o wysokiej wydajności > MUMmerGPU na układach GPU Tesla

MUMmerGPU na układach GPU Tesla

MUMmerGPU jest oprogramowaniem z dziedziny bioinformatyki umożliwiającym wysokowydajne dopasowywanie sekwencji przy użyciu układów GPU. Akceleruje ono proces dopasowywania wielu sekwencji zapytań o pojedynczą sekwencję referencyjną, wykorzystując w tym celu masowo równoległą architekturę CUDA układów GPU NVIDIA Tesla.

Pobieranie plików i instalacja

• Pobierz MUMmerGPU
• W skład pobieranego pakietu z oprogramowaniem wchodzą także instrukcje instalacyjne

Wyniki testów

MUMmerGPU (wersja 2.0) zapewnia 3-4 razy wyższą wydajność niż program MUMmer działający na układach CPU. Dane zamieszczone na poniższym wykresie bazują na programie MUMmerGPU w wersji 1.0 i zostaną wkrótce zaktualizowane.

Dane za zgodą Uniwersytetu Maryland

Publikacje techniczne i prezentacje

• „Wysokowydajne dopasowywanie sekwencji przy użyciu procesorów graficznych”, M. Schatz i inni.: BMC Bioinformatics 2007
• „Optymalizacja obliczeń GPGPU intensywnie przetwarzających dane – pod kątem dopasowywania sekwencji DNA”, C. Trapnell, M. Schatz: Parallel Computing, sierpień 2009
• Więcej publikacji na temat akceleracji aplikacji z dziedziny bioinformatyki przy użyciu układów GPU

Fora dyskusyjne

• Społeczności zajmujące się tematyką obliczeń na GPU przy GPUcomputing.net

Dostępne w postaci rozwiązania typu superkomputer osobisty klasy desktop, który może zapewnić wyższą wydajność niż 32-węzłowy klaster na bazie CPU, albo w postaci rozwiązania typu klaster o wydajności konwencjonalnego superkomputera wielkoskalowego przy 1/10 jego ceny i 1/20 poboru mocy. Rozwiązania te, zbudowane w oparciu o rewolucyjną architekturę CUDA, zaprojektowano w celu zwiększenia wydajności w dziedzinie nauk obliczeniowych.

REKOMENDOWANA KONFIGURACJA SPRZĘTOWA

Konfiguracja stacji roboczej typu desktop	Konfiguracja dla potrzeb centrów przetwarzania danych
GPUs 1 procesor obliczeń GPU Tesla C1060 (MUMmer w wersji CUDA obsługuje na razie tylko pojedynczy układ GPU) CPU i pamięć systemowa CPU typu x86 taktowany 2,33 GHz >8 GB (4 GB pamięci systemowej dla potrzeb układu GPU Tesla C1060)	Nie dotyczy (MUMmer w wersji CUDA nie obsługuje jeszcze MPI)

ROZWIĄZANIA DLA STACJI ROBOCZYCH SUPERKOMPUTER OSOBISTY TESLA Superkomputer osobisty przy Twoim biurku Dowiedz się więcej >		ROZWIĄZANIA DLA CENTRÓW PRZETWARZANIA DANYCH KLASTRY OBLICZEŃ GPU TESLA Do zadań obliczeniowych wykorzystujących instalacje wielkoskalowe Dowiedz się więcej >