Tesla

CUDASW++ na układach GPU Tesla

 

CUDASW++ to oprogramowanie z dziedziny bioinformatyki służące do przeszukiwania bazy danych białek przy użyciu algorytmu Smitha-Watermana. Dzięki wykorzystaniu masowo równoległej architektury CUDA układów GPU NVIDIA Tesla, zadanie przeszukiwania i przeglądania sekwencji białek odbywa się od 10 do 50 razy szybciej niż w przypadku programu NCBI BLAST. CUDASW++ obsługuje zapytania o długości do 59K.

Pobieranie plików i instalacja

Wyniki testów

Oprogramowanie CUDASW++ potrafi wykorzystać możliwości kilku układów GPU Tesla i działa 50-100 razy szybciej niż NCBI BLAST, osiągając do 30 GCUP dla zapytań o długości ponad 5000. Podczas gdy BLAST jest algorytmem heurystycznym, CUDASW++ zapewnia optymalne dopasowanie lokalne dzięki wykorzystaniu algorytmu Smitha-Watermana.

CUDASW++

Publikacje techniczne

Fora dyskusyjne

Rozwiązania na bazie GPU

Dostępne w postaci rozwiązania typu superkomputer osobisty klasy desktop, który może zapewnić wyższą wydajność niż 32-węzłowy klaster na bazie CPU, albo w postaci rozwiązania typu klaster o wydajności konwencjonalnego superkomputera wielkoskalowego przy 1/10 jego ceny i 1/20 poboru mocy. Rozwiązania te, zbudowane w oparciu o rewolucyjną architekturę CUDA, zaprojektowano w celu zwiększenia wydajności w dziedzinie nauk obliczeniowych.

REKOMENDOWANA KONFIGURACJA SPRZĘTOWA

Konfiguracja stacji roboczej typu desktop Konfiguracja dla potrzeb centrów przetwarzania danych
  • GPUs
    • 2 procesor obliczeń GPU Tesla C1060

  • CPU i pamięć systemowa
    • CPU typu x86 taktowany 2,33 GHz
    • >8 GB (po 4 GB pamięci systemowej na GPU Tesla C1060)
  • Nie dotyczy (CUDA-SW++ nie obsługuje jeszcze MPI)

Tesla Personal Supercomputer   Tesla GPU Computing Clusters
ROZWIĄZANIA DLA STACJI ROBOCZYCH SUPERKOMPUTER OSOBISTY TESLA
Superkomputer osobisty przy Twoim biurku

Dowiedz się więcej >
 
ROZWIĄZANIA DLA CENTRÓW PRZETWARZANIA DANYCH KLASTRY OBLICZEŃ GPU TESLA
Do zadań obliczeniowych wykorzystujących instalacje wielkoskalowe
Dowiedz się więcej >