- Sterowniki
- Produkty
- Procesory
- Technologie
- Obliczenia w chmurze
- 3D Vision
- Platformy
- Gry
- Pomoc
- Sklep
- O firmie NVIDIA
NVIDIA Home > Katalog produktów > Rozwiązania dla obliczeń o wysokiej wydajności > UGENE na układach GPU Tesla
 |
Subskrybuj |  |
Poleć innym |
UGENE na układach GPU Tesla
Unipro UGENE to darmowy, wieloplatformowy pakiet oprogramowania z dziedziny bioinformatyki, który w ramach prostego i elastycznego w obsłudze interfejsu użytkownika integruje wiele popularnych narzędzi biologicznych. W celu zapewnienia maksymalnej możliwej wydajności UGENE wykorzystuje do optymalizacji procedur obliczeniowych nowoczesne układy GPU NVIDIA Tesla. W skład UGENE wchodzi akcelerowana w CUDA implementacja algorytmu Smitha-Watermana oraz narzędzie do ekstremalnie szybkiego dopasowywania krótkich sekwencji DNA zoptymalizowane dla układów GPU o architekturze CUDA.
Pobieranie plików i instalacja
- Pobierz Unipro UGENE
- Pakiet gotowy do pracy w systemach MS Windows, Linux i Mac OS X
- Zawiera akcelerowaną w CUDA implementację algorytmu Smitha-Watermana oraz narzędzie do szybkiego dopasowywania krótkich sekwencji DNA
- Podręcznik użytkownika pakietu UGENE (instalacja i dokumentacja)
Wyniki testów
Wykorzystująca akcelerację CUDA implementacja algorytmu Smitha-Watermana zapewnia 9-krotny wzrost wydajności w porównaniu do równoległej implementacji tego algorytmu (w postaci wchodzącej w skład pakietu UGENE) oraz 40-krotny wzrost wydajności w porównaniu do jego klasycznej wersji. Szczegółowe informacje znaleźć można na stronie na stronie z wynikami testów wydajności UGENE.
 |
 |
Publikacje techniczne i prezentacje
- Raport techniczny: „Zastosowanie technologii GPGPU do akceleracji procesu dopasowywania krótkich sekwencji DNA w ramach projektu Unipro UGENE”
- Więcej publikacji na temat akceleracji aplikacji z dziedziny bioinformatyki przy użyciu jednostek GPU
Fora dyskusyjne
Wywiady / materiały wideo
- Podcast na temat UGENE: Lokalne dopasowywanie sekwecji za pomocą algorytmu Smitha-Watermana
ROZWIĄZANIA NA BAZIE GPU
Aplikacje prezentowane w serwisie Bio-Warsztat Tesla mogą być wykorzystywane zarówno na superkomputerach osobistych klasy desktop opartych na jednostkach GPU, jak i wdrażane w centrach przetwarzania danych. Te zbudowane w oparciu o rewolucyjną, masowo równoległą architekturę CUDA rozwiązania zaprojektowano w celu zwiększenia wydajności w dziedzinie nauk obliczeniowych.
REKOMENDOWANA KONFIGURACJA SPRZĘTOWA
| Konfiguracja stacji roboczej typu desktop | Konfiguracja dla potrzeb centrów przetwarzania danych |
|
|